С 31 декабря 1999 года - Исполняющий обязанности Президента Российской Федерации. 26 марта 2000 года избран Президентом Российской Федерации. Вступил в должность 7 мая 2000 года. 14 марта 2004 года избран Президентом Российской Федерации на второй срок. Председатель Cовета министров Союзного государства Белоруссии и России. Председателем правительства РФ.